La AAJRA cuenta con cinco Comisiones especiales dedicadas a profundizar en proyectos e investigaciones de especial interés para la Asociación:
Comisión Asuntos judiciales
Directores: Dres. Mariana Kohan y Hernán Kleiman
Comisión Jóvenes profesionales
Directores: Dres. Alan Liniado y Agustina Ossona
Comisión Género y Diversidad
Directores: Dres. Natalia Kerszberg y Andres Mexandeau